Весть о начале Великой Отечественной войны застала на Дальнем Востоке, где он служил.
Зимой 1942 г. отборные части отправили на запад. Высадились над г. Орлом. И сразу же две кавалерийские дивизии и бригады дальневосточных моряков вступили в бой за освобождение города Орла. Под г. Ельней Саможапов получил ранение. Пришлось ему оставить свой 115 кавалерийский полк, где он был командиром отделения связи в звании старшего сержанта.
С конца 1943г. служил в 1106-м стрелковом полку. Из стрелкового полка Саможапова перевели в батальон связи, находившийся в городе Ярцево. Особенно отличился батальон, где служил Саможапов, досрочно сумев установить связь между Минском и Можайском. Тогда его наградили знаком «Отличный связист». Это было в ноябре 1944г.
Затем он участвовал во взятии Кенигсберга и далее через Восточную Пруссию до Берлина.
Награжден орденами Славы III ст., Отечественной войны II ст., медалями: «За взятие Кенигсберга», «За победу над Германией».